2012 год. Вертолет с военным экипажем вылетает в окрестности ЧЗО, после чего через некоторое время теряет связь и терпит крушение... Перед единственным уцелевшим стоит задача выбраться из опасных дебрей Зоны во что бы то ни стало.

"Точка отсчёта", "Время Альянса", а теперь финальная часть истории - "Связь времён". Почему так? Да потому, что события, происходившие в первых двух частях, незримо связаны между собой и общими идеями, и общими участниками. Но и это даже не главное. А главное то, что мы когда-то делали в прошлом, наши мысли, дела и поступки неотразимо скажутся на нынешнем. И то, что мы будем делать сейчас, неизбежно повлияет на наше будущее и не только на наше.

Осенью 2014-го года в окрестностях Зоны Отчуждения произошёл крупнейший в истории выброс, вследствие которого Зона стала поглощать всё большие и большие участки Земли, угрожая существованию жизни на планете. В 2048-м году изобретают машину времени, и у её создателя, профессора Демьяненко, рождается план по спасению человечества, который заключается в отправке в прошлое военного специалиста, который способен разобраться в причинах выбросах и предотвратить его.

В 2016 году, наёмнику Хмурому удалось предотвратить надвигающуюся катастрофу, сорвав сделку военных и сотрудников СБУ в городе Припять. Общий замысел встречи военных, был о полном уничтожение Зоны Отчуждения, нанесением ядерного удара по ЧАЭС. 
Военные рассчитывали, что разорвавшаяся ракета должна поглотить все живое в радиусе 20 км. Однако военные не учли главную особенность - это аномальные свойства зоны, а применение ядерной боеголовки могло бы только спровоцировать необратимые процессы и только усугубить положение.
Не смотря ни на что, военными было принято решение найти поставщиков и договориться о поставках необходимого вооружения. Чтобы спасти мир от надвигающейся катастрофы наемник срывает сделку, проходящую в г. Припять. По прошествии месяца, вокруг этих событий образовалось затишье. 
Однако затишье оказалось обманчивым и у военных появляются новые планы на этот счет. 

- Добавлено оружие РПД, М249, ПКП "Печенег", M79, Barrett M95, SIG-551, СВТ-40, ВСК-94;
- Заменены анимации G3SG1, МП-443 "Грач", АКС-74У;
- Заменены модели АН-94 "Абакан", SR-25, P90 и прицела ACOG;
- Добавлен прицел Barska ELECTRO SIGHT AC10632;
- Добавлена возможность установки прицелов на СВД и СВУ;
- Заменены некоторые звуки;
- Повышены цены на некоторые заказы оружия у Шустрого;
- Добавлены патроны калибра 12.7х55 "СЦ-130" и 12.7х99 NATO.

1998 год. Группа чеченских террористов захватывает заложников в подмосковном НИИ. Группа спецназа, в составе которой находится старший лейтенант Николай Звягинцев, отправляется на штурм. 
Мог ли подумать Звягинцев, что он окажется за 370 000 километров и 80 лет от дома, где ему предстоит сражение с намного более опасным противником?

The project Medeiros сюжетная модификация по сути являющаяся прологом мода КЛЫК. Платформой мода Medeiros стала игра Сталкер Зов Припяти. Играть в этот раз игрокам предстоит от лица легендарной личности по имени Ной. Действия сюжета будут происходить на двух игровых локациях, но стоит заметить что сюжет представленный в Medeiros будет местами пересекаться с вышедшей ранее модификацией История Журналиста и модом пока еще находящимся в разработке К.Л.Ы.К.. Помимо нового сюжета и множества побочных квестов игра приобрела множество изменений касающихся графической и геймплейной составляющей, тем самым придавая ей уникальную атмосферу.

Sleep of reason Zulus Story с таким названием представлена модификация с измененным сюжетом и новыми квестами, разработанная на платформе игры Сталкер Зов Припяти. Действие мода будут разворачиваться на двух локациях, выполненной в виде небольшой истории о сталкере по кличке Зулус. Помимо новой локации в Истории Зулуса, игрокам предстоит выполнить новые квесты и узнать историю появления легендарного сталкера в Зоне Отчуждения. Стоит заметить что данный мод явился некой заменой, ранее анонсированной сюжетной модификации Sleep of reason Last Light.

- Адаптированы три локации: Кордон, Болота и Рыжий Лес. 
- Начало игры - Кордон. 
- Новые задания на старых локациях. Автор многих из них - GEONEZIS. 
- Исправлены некоторые шероховатости предыдущих версий.
- Новый метод сохранения игровых данных (pstor переменных). Теперь вылетов с куском лога "INCORRECT LOAD" быть не должно. Чужие сохранения в этой версии работать не будут!.
- И многое другое

- Появилось продолжение сюжета в Темной Долине. 
- Адаптированы четыре локации: Лаборатория Х18, Военные Склады, Агропром и подземелья Агропрома. 
- Появились новые квесты на старых локациях. 
- Появился новый типаж НПС - работодатель. Доступен только во фриплее. 
- Добавлены новые модели НПС. 
- Добавлено 18 видов оружия. 
- Исправлены многие недоработки предыдущих версий. 
- И многое другое.