Сюжет модификации продолжает сюжет первой части Конца Света.
Меченый в поисках источника света узнает про артефакт "Керосинка", за которым отправляется на Агропром. На территории НИИ разворачивается бойня между военными и сталкерами, в результате которой Меченому все же удается бежать с территории института. В поисках выхода из сложившейся ситуации он осознает всю опасность своего положения. Группировки Зоны начинают массово передислоцироваться, возникают новые союзы, новые угрозы. Значимость приобретает лишь шанс на выживание.
Игра проведет нас почти по всей Зоне, которая, в свою очередь, очень своеобразно изменилась.
Артефакт, носимый героем в рюкзаке, хоть и спасает своего хозяина от неминуемой гибели раз за разом, дает и свои побочные эффекты. Галлюцинации, видения из прошлого, частые появления героев, чьи судьбы некогда пересекались с судьбой Меченого. Все чаще и чаще наш герой начинает видеть события из прошлого, события, которые кроме него, не видит никто.
Игроку предстоит выступить в роли бойца заградительного гарнизона, столкнуть с новыми противниками, узнать множество мало освещенных фактов касательно Зоны...
Многие моменты истоков Зоны взяты из романа А. Акимова "Изнанка истории", которая находится в процессе написания.